Los saharauis libraron una guerra en dos frentes, al norte con Marruecos y al Sur con Mauritania, una guerra de guerrillas, eligiendo sus puntos de ataque y los momentos más adecuados en un terreno que conocían perfectamente. El Louali, fundador del Frente Polisario en 1973, murió en combate con apenas 27 años, convirtiéndose en un símbolo de la lucha. En esta larga guerra los saharauis recibieron la ayuda de Argelia, mientras que Mauritania se vio obligada a retirarse de la lucha renunciando a cualquier reivindicación sobre el Sahara. Desde 1980 los marroquíes construyeron un muro defensivo, sembrado de minas, de más de 2.700 km.

En 1991 la ONU dio forma a un plan para el Sahara. El punto fundamental era la realización de un referéndum de autodeterminación. Se firma una tregua, y se fija la fecha de enero de 1992 para la celebración del referéndum; hasta el día de hoy dicho referéndum, obstaculizado por el gobierno de Marruecos, aun no se ha celebrado. A mediados de noviembre de 2020, Marruecos rompió el alto el fuego tras un ataque a la población civil saharaui, provocando la reanudación del conflicto armado.